环境工程微生物学 讲义.doc
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1、本课程是环境学院各专业学生的专业基础课;与另一门课环境微生物学实验相结合,构成一个完整的体系;本课程强调每个学生要动手,通过实验,加深对讲课内容的理解和记忆; 本课程内容分两大部分:一是微生物学的基础知识;二是微生物学在环境领域中的应用。绪论主要内容:环境微生物学的研究对象和任务 研究对象 研究任务 微生物学概述 微生物的定义微生物的特点 原核微生物与真核微生物 微生物的命名与分类第一节 环境工程微生物学的研究对象和任务一、环境微生物学的研究对象定义:环境微生物学是研究与环境领域(包括环境工程、给水排水工程)有关的微生物及其生命活动规律。 其内容包括:微生物个体形态、群体形态;细胞结构功能、生
2、理特性、生长繁殖、遗传变异等;微生物与环境的关系(尤其是微生物与污染环境之间的关系);微生物对物质的转化分解作用(特别是应用微生物来处理各种污染物质,如废水、废气和固体废弃物)。二、环境工程微生物学的研究任务总的归纳起来有两大方面的任务:(1)防止或消除有害微生物(2)充分利用有益的微生物资源三、微生物在环境污染治理(水处理)中的应用) 在环境监测方面(水污染的监测)利用在环境中生存的生物的种类、数量、活性等特征,来判断环境状况的好坏。这些生物称为指示生物。生物监测的优缺点: 生物监测的主要优越性: (a)长期性汇集了生物在整个生活时期中环境因素改变的情况,可以反映当地的环境变化; (b)综合
3、性能反映环境诸因子、多成分对生物有机体综合作用的结果; (c)直观性直接把污染物与其毒性联系起来; (d)灵敏性有时甚至具有比精密仪器更高的灵敏性,有助于提早发现环境污染。 生物监测的主要缺点: (a)定量化程度不够; (b)需要一定的专业知识和经验。) 在环境治理方面包括水、大气、固体废弃物处理方面其中特别在水处理方面,有着大量成功应用的例子。 第二节 微生物概述一、微生物的定义微生物是指所有形体微小,用肉眼无法看到,须借助于显微镜才能看见的,单细胞或个体结构简单的多细胞,或无细胞结构的低等生物的统称。Too small to be seen with naked eyes二、微生物的特点(
4、1)个体小;(2)分布广、种类繁多;(3)繁殖快;(4)易变异。三、原核微生物和真核微生物具有原核细胞的生物称为原核微生物。原核细胞:其细胞核发育不完善,仅有核质,没有定形的细胞核,无明显的核膜,没有特异的细胞器,不进行有丝分裂。 典型的原核生物有细菌、放线菌、蓝细菌等。细菌细胞结构模式图P26具有真核细胞的生物称为真核生物。 真核细胞:细胞核发育完善,有定形的细胞核(核仁、染色体等),有明显的核膜,有特异的细胞器,进行有丝分裂。 大多数生物,包括高等生物都是真核的,如酵母菌。 见图69四、微生物的分类与命名(一)微生物的分类在生物学上,对生物的分类采用按其生物属性和它们的亲缘关系有次序地分门
5、别类排列成一个系统,系统中有七个等级:界、门、纲、目、科、属、种。每一种生物,包括微生物,都可在这个系统中找到相应的位置。其中种(species)是分类的基本单位。必要时,还可以在这些等级之间再增设一些亚等级。微生物的分类有其分类系统,其中最常用的也是具有权威性的是伯杰氏手册,是对原核微生物(细菌等)进行分类;另外,放线菌、真菌(包括丝状真菌和酵母菌)等也有各自的分类系统。一般大家比较熟悉的生物分类是所谓的二界学说,即把生物分为动物界和植物界两个界,这种分法已有很长的历史。随着人们认识的不断进步,新的分类手段不断被应用,1969年,魏塔克提出“五界学说”,后经Margulis修改,为较多的人所
6、接受:原核生物界、真核原生生物界、真菌界、动物界、植物界。我国学者提出的六界学说,在上述五界的基础上再增加一个病毒界。六界学说:非细胞形态病毒界原核生物(细菌、放线菌、蓝藻)原核生物界(原生动物、藻类) 真核原生生物界真核生物 (酵母菌、霉菌)真菌界( 后生动物) 动物界(低、高等植物)植物界(二)微生物的命名双名法:学名属名种名(命名人姓氏)生物的学名都是用拉丁文书写,属名用名词,第一个字母大写,种名用形容词,第一个字母小写。如用电脑打印或印刷,应该用斜体表示。例如我们所熟悉的大肠杆菌,其学名为Escherichia coli (大肠埃希氏杆菌),简称E.coli。 有时我们看到如Bacil
7、lus sp.的表达方式,表明该菌株只鉴定到属,未能确定其种名。第一章 病毒非细胞结构的超微生物 由于病毒特殊的结构和形态及其生活习性,按照六界学说,把病毒列为单独的一个界,即病毒界。病毒个体极小(0.2),只有在电子显微镜下才能看见病毒的庐山真面目,而且病毒不具有细胞结构。本章主要内容第一节 病毒的一般特征及分类 病毒的特点;病毒的分类 第二节 病毒的形态与结构病毒的形态大小;病毒的化学组成和结构 第三节 病毒的繁殖 病毒的繁殖过程;病毒的溶原性 第四节 病毒的培养 病毒的培养特征;病毒的培养基;病毒的培养 第五节 病毒的抵抗力和去除第一节 病毒的一般特征及其分类一、病毒的特点 1. 没有细
8、胞结构,大多数由蛋白质和核酸组成,有的含有类脂质、多糖等,只有一种核酸(DNA或RNA)。 2.专性寄生 病毒没有合成蛋白质的机构核糖体,也没有合成细胞物质和繁殖所必备的酶系统,不具独立的代谢能力,必须专性寄生在活的敏感宿主细胞内,依靠宿主细胞合成病毒的化学组成和繁殖新个体。 3.体积极小,形态多样二、病毒的分类 病毒有自己单独的分类系统,其分类依据主要有:病毒的宿主、所致疾病、核酸种类、病毒粒子的大小、病毒的结构、有无被膜等。 根据病毒不同的专性宿主,可把病毒分为: 动物病毒、植物病毒、细菌病毒(噬菌体)、放线菌病毒(噬放线菌体)、藻类病毒(噬藻类体)、真菌病毒(噬真菌体) 也可以按照所致的
9、疾病进行分类 按核酸分类,可把病毒分为:DNA病毒和RNA病毒。第二节 病毒的形态与结构一、病毒的形态和大小 病毒的形状多样,依种类不同而不同 球状,卵圆形,砖形,(动物病毒) 杆状,丝状,(植物病毒) 蝌蚪状,丝状,(噬菌体) 病毒的大小常用纳米来表示(=10-9m)。如:痘病毒100nm200nm300nm,为砖形;口蹄疫病毒直径为22nm。二、病毒的化学组成和结构 (1)病毒的化学组成 (大多数病毒由蛋白质和核酸组成,有的含有类脂质、多糖等。 (2)病毒的结构 (病毒没有细胞结构,却有其自身特有的结构。整个病毒体分两个部分:蛋白质衣壳和核酸内芯。 (病毒粒子有两类:一种是不具被膜(囊膜)
10、的裸露病毒粒子;另一种有被膜包围的病毒粒子。 (最简单的病毒只有核酸,不具蛋白质,如寄生在植物体内的类病毒和拟病毒,只有RNA。病毒粒子结构图,大肠杆菌图病毒的蛋白质和核酸各有不同的功能: 蛋白质:主要是保护作用、决定特异性及决定致病性、毒力和抗原性等。核酸:DNA 或RNA,决定遗传、变异和对宿主细胞的感染力。 有些病毒具有被膜(囊膜),其中还含有类脂质(磷脂、胆固醇等)第三节 病毒的繁殖一、病毒的繁殖 各类病毒的繁殖过程基本相似,以E.coli T系列噬菌体为例,可分成以下五步: 1. 吸附:病毒吸附于敏感细菌(E.coli细胞)表面的受体上(特定部位) 2. 侵入:噬菌体通过水解破坏细胞
11、壁,DNA进入。 3. 复制:细菌自身的DNA被破坏,病毒借助于细菌的合成机构,为自己工作,即复制噬菌体的DNA和其他结构。 4. 装配(聚集):病毒的DNA和蛋白质等在细菌体内装配成一个完整的大肠杆菌噬菌体。 5.宿主细胞裂解和成熟噬菌体粒子的释放:噬菌体粒子成熟后,导致宿主细胞破裂,释放出噬菌体,101000个(平均为300个)。释放出的新的病毒粒子又可去感染新的宿主细胞。大肠杆菌图T系列噬菌体繁殖过程图二、病毒的溶原性 噬菌体有毒(烈)性噬菌体和温和噬菌体两种类型。毒(烈)性噬菌体,侵入宿主细胞后立即引起宿主细胞破裂。温和噬菌体,侵入宿主细胞后,其核酸附着并整合在宿主染色体上,和其一起同
12、步复制,宿主细胞不裂解而继续生长。含有温和噬菌体的宿主细胞称为溶原细胞。在溶原细胞内的温和噬菌体核酸,称为原噬菌体或前噬菌体。溶原性是遗传的,一旦发生变异(自发或诱发),它会转化成毒性噬菌体。(噬菌体受感染后的两种反应)第四节 病毒的培养一、病毒的培养基 由于病毒的专性寄生的习性,所以其培养也较为困难,须提供活的敏感细胞,而且它能提供病毒附着的受体,不对侵入的病毒核酸进行破坏(没有破坏特异性病毒限制性核酸内切酶)。 二、病毒的培养特征 在液体培养基内:原先浑浊的菌液 变成 透明的裂解溶液。在固体培养基上:宿主细菌菌落上出现空斑(噬菌斑)。三、病毒的培养 动物病毒的培养 主要方法有:动物接种 鸡
13、胚接种 组织培养 其中组织培养技术已被广泛应用 植物病毒的培养 噬菌体的培养 双层琼脂法第五节 病毒对物理、化学因素的抵抗力及在污水处理中的去除效果一、物理因素 温度:高温和低温 光(辐射): 干燥: 二、化学因素 环境中的各种化学因子,会对病毒产生影响。 三、抗菌物质 由于病毒的非细胞结构,一般情况下,作用于细胞结构的抗生素对病毒是无效的。四、病毒的存活和在污水处理中的去除效果 环境中存在的各种因子会影响到病毒的生存,所以病毒在各种不同环境中的存活时间是不一样的。污水处理的不同程度,对病毒的去除效果也是不同的。 一级处理:很低,最多30% 二级处理:90-99% 三级处理:进一步减少第二章
14、原核微生物在生物分类中,属于原核生物界,包括真细菌的细菌门和蓝细菌门。 细菌门有衣原体、立克次氏体、支原体、螺旋体、粘细菌、古(生)细菌、细菌(真细菌)、放线菌。 蓝细菌门有蓝细菌。 我们重点介绍细菌(包括古细菌)、放线菌和蓝细菌。本章主要内容细菌:形态结构、培养特征、物理化学性质; 古菌:特点、分类; 放线菌:形态、培养、应用; 蓝细菌:特点、分类。第一节 细菌一、细菌的个体形态和大小 细菌属于原核生物,为单细胞,即一个细胞就是一个个体。 细菌的个体(也就是细胞)基本形态有三种:球状、杆状和螺旋状。 1. 球菌细胞个体形状为球形,其直径约为0.52.0。 各类球菌又可以根据其排列方式的不同,
15、进一步分为: 单球菌 例:脲微球菌 双球菌成对排列 例:肺炎双球菌(肺炎链球菌) 链球菌成链条状 例:乳链球菌 四联球菌四个叠在一起成田字形 例:四联微球菌 八叠球菌八个叠成立方体 例:甲烷八叠球菌 葡萄球菌不规则排成一串 例:金黄色葡萄球菌 2. 杆菌细胞个体形状为杆状,其大小为0.5115 杆菌有长、短之分,如枯草杆菌、大肠杆菌等,也可按细胞排列、双杆菌、链杆菌。3. 螺旋菌细胞个体形状呈螺旋卷曲状,螺旋的数目和螺距随菌的不同而不同。其大小约为:0.251.7260 , 螺纹不满一圈的称为弧菌,如逗号弧菌;螺纹在一圈以上的称为螺菌,如紫硫螺旋菌和红螺菌。另外,在环境工程中,我们经常会遇到一
16、种被称为丝状菌的形态,在水体、潮湿土壤及活性污泥中普遍存在,如球衣菌、发硫菌等。在我们的教材上将其列为第四种细菌形态。 所谓丝状菌,其实是由柱状或椭圆状的细菌细胞一个一个连接而成的,外面有透明的硬质化的粘性物质包裹(称为鞘)。 所以它实际上是一种细菌的群体形态,故从严格意义上来说,是不应把它列为细菌的个体形态的,但从实际应用的角度,这种分法也是具有价值的。细菌的各种形态图在正常情况下,细菌的个体形态是相对稳定的,故它也是细菌分类时的重要依据。但是,环境条件的变化,如营养条件、温度、培养时间等,会引起细菌个体形态的改变或畸形;不同的种类和菌龄,在个体发育过程中,细菌的大小有变化,刚分裂的新细菌小
17、,随发育逐渐变大,老龄细菌又变小;另外,有的细菌种,是多形态的,即在其生命的不同阶段,会有不同的个体形态出现。 因此,在描述细菌的个体形态时,需要在给定条件下(给定的培养基、培养温度、时间等)。二、细菌的细胞结构 细菌的细胞结构可分为一般结构和特殊结构: 一般结构(或基本结构):如细胞壁、细胞质膜、细胞质、内含物及细胞核物质等。它们是所有细菌所共有的。 特殊结构:如芽孢、荚膜、鞭毛等。它们是某些细菌所特有的。所以特殊结构是细菌分类鉴定的依据。 细菌细胞的模式图:(一)细菌的一般结构 从细胞外开始,由外向内,依次有下列的细胞一般结构: 1. 细胞壁 细胞最外面的坚韧而略有弹性的薄膜。 细胞壁的化
18、学组成:肽聚糖、蛋白质、脂类 革兰氏染色: 由于细胞壁组成的不同,可把细菌分成两大类:G+菌和G-菌。 这种分类法的起源是革兰氏染色试验,是由丹麦科学家Gram在1884年建立的。 革兰氏染色试验是一种复染色法,即通过多次染色达到区分不同细胞结构的目的。 其主要步骤如下:见图 细胞壁的作用:保护细胞 ;维持形态 ;控制物质进出 ;为鞭毛提供支点 细胞壁之内,统称为原生质体。 2. 细胞质膜(质膜) 在细胞壁和细胞质之间的一层半透性膜,它可以选择性吸收物质。 化学组成和结构: 磷脂3040,蛋白质6070,约2的多糖。 其结构为双层结构,上下两层磷脂分子层,蛋白质镶嵌在磷脂层中。见图细胞质膜结构
19、模式图P28细胞膜的作用: (1)控制内外物质的交换(吸收营养和 排泄废物); (2)膜上有许多重要的酶(蛋白质),是氧化和供能的场所;如:渗透酶、氧化磷酸化酶等; (3)细胞壁合成的场所; (4)鞭毛的附着点。3. 细胞质及其内含物 位于细胞膜以内,除核物质以外的无色透明的粘稠物质,又称原生质。 化学组成:由蛋白质、核酸、脂类、无机盐、水等物质组成。 作用:含有各种酶系统,是进行新陈代谢的活动场所。 内含物:细胞质内存在各种颗粒和结构,它们担负着重要的生理功能。如核糖体和内含颗粒。 核糖体:分散在细胞质中的亚微颗粒,由RNA和蛋白质组成。它是合成蛋白质的场所。 内含颗粒:细胞在营养过剩时,会
20、形成一些颗粒贮藏物,如:异染粒、聚b-羟基丁酸(PHB)、硫粒、淀粉粒等。内含颗粒的产生,与环境条件有着十分密切的关系。 4. 核物质(拟核、核区) 细菌是原核生物,没有定形的细胞核(无核仁、核膜),但具有遗传物质DNA(脱氧核糖核酸),即核物质,双链DNA分子存在于核区,高度折叠缠绕而成。 如E.coli的 DNA分子总长可达1.1mm,环状折叠盘绕在细胞质内。 功能:决定和传递遗传性状,是遗传物质。(二)细菌的特殊结构 常见的细菌特殊结构有:荚膜、芽孢、鞭毛等 1.荚膜 许多细菌能分泌一种粘性物质于细胞壁的表面,完全包围并封住细胞壁,使细菌和外界环境有明显的边缘,这层粘性物质称为荚膜。 成
21、分:主要是多糖和多肽。 功能:(1)保护功能(抗干燥、抗吞食);(2)贮藏物质(可作为细菌的碳源);(3)在水处理中,荚膜能吸附废水中的有机物、无机固体物及胶体物, 把它们吸附在细胞表面,有利于对其的吸收降解。 细菌荚膜和负染色法图容易混淆的几个概念,希望注意区分: 粘液层:也是细胞壁表面的粘性物质,区别在于它与周围环境无明显的边缘;菌胶团:多个细菌个体排列在一起,由公共荚膜包藏形成一定形状的细菌集团;菌胶团的形成对于水处理有十分主要的意义,它是废水生物处理中常见的结构; 鞘(衣鞘):丝状菌形成时,在外面形成透明的硬质化的物质。2. 芽孢 在一些种类的细菌体内形成的一个圆形、椭圆形或圆柱形的内
22、生孢子。 能产生芽孢的细菌种类包括多种杆菌、一个属的球菌(芽孢八叠球菌)和一个属的弧菌(芽孢弧菌属)。 芽孢的特点是:(1)壁厚,紧密结实; (2)含水量少(40); (3)含有DPA(2,6吡啶二羧酸),可达干重的15; (4)含有耐热性酶。在120140还能生存几个小时。 这些特征使芽孢能抵抗恶劣的环境条件。细菌芽孢的各种类型图芽孢的功能:(1)菌种鉴别的依据(芽孢的位置、形状、大小等);这一点在实际工作中十分有用。 (2)抵抗不良环境的休眠体。 由于芽孢的特点,它对不良环境,如高温、低温、干燥和有毒物质等具有较强的抗性,它处于不活动的休眠状态,一旦外界条件变好,它可萌发成为营养细胞。由于
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